Eclipseを起動した時に
initializing java tooling（１％）
などとステータスバーに表示されたまま進まず
あちこちクリックしても何も操作できなくなってしまうことがあります。
この現象はApp Engineプラグインをアップデートした後に発生する場合があります。
解決するにはEclipseを強制終了させた後、次のようにします。
(1)Eclipseのpluginsフォルダから複数バージョンが存在するフォルダを探し、古い方を削除します。
たとえば
「com.google.appengine.eclipse.sdkbundle_1.8.1」
「com.google.appengine.eclipse.sdkbundle_1.8.1.1」
の２つが存在していたら、古い方である
「com.google.appengine.eclipse.sdkbundle_1.8.1」を削除します。
(2)Eclipseを「-clean」オプションを付けて起動します。（普通に起動しても大丈夫かも）
例）eclipse -clean
(3)起動したら、すぐさま設定を変更しましょう。
Window→Preferencesで設定ウインドウを開き
Google→App Engineを開くと、複数バージョンのSDKが並んでいますので
古いものは削除して最新のものだけにしてしまいましょう。
キーワード＆海外の方のためのEnglish(笑)：
configuring classpath containers hangs, stuck, indigo.
1.Delete old plugin folder.
2.Restart eclipse with -clean option.
3.Remove old sdks (Window->Preferences->Google->App Engine).